Pociągi i autobusy są punktualne, wygodne i bardzo drogie. Przy większych odległościach autobusy są trochę tańsze. Dobrym rozwiązaniem w przypadku podróżowania pociągiem jest tzw. seishun juu hachi kippu. Bilet taki kosztuje ok.12 tys.Y (można go kupić m.in. na stacjach kolejowych), dostaje się blankiet, z miejscem na przybicie pięciu stempli, każdy stempel (datownik) upoważnia jedną osobę do podróżowania na wszystkich trasach do godz. 24.00 danego dnia. Na jeden blankiet może podróżować kilka osób (czyli np. jedna osoba może podróżować przez pięć dni (niekoniecznie kolejne pięć dni) albo pięć osób przez jeden dzień (wtedy oczywiście trzeba podstemplować od razu cały blankiet). Są jednak pewne ograniczenia: bilet taki można kupić tylko w okresie wakacji szkolnych (koniec grudnia - początek stycznia, marzec - kwiecień, lipiec - sierpień), można podróżować TYLKO zwykłymi pociągami (te, które zatrzymują się na każdej stacji), pociągi takie zwykle nie kursują między godziną 0 a 4 w nocy, bilet ten można wykorzystywać na liniach "JR" - przesiadając się na lokalne linie prywatne trzeba dokupić zwykły bilet. W sumie jednak, jeżeli się dobrze ułoży trasę, podróżowanie w ten sposób może być 4-5 razy tańsze niż w przypadku zwykłych taryf. Ogromną zaletą jest też fakt, że można wysiadać na każdej stacji i np. zobaczyć coś po drodze. Zwykły bilet traci ważność po wyjściu ze stacji. Jeżeli chce się wysiąść po drodze trzeba kupić kilka biletów na mniejsze odcinki, co jeszcze zwiększa koszty. Innym rozwiązaniem jest "rail pass", ważny na wszystkie pociągi. Można go jednak kupić tylko poza granicami Japonii, w krajach, w których jest przedstawicielstwo Japan Railways. W Polsce nie jest to jeszcze możliwe.
Prom - w zależności od trasy może być trochę tańszy niż pociąg, ale na pewno jest dużo droższy od seishun juuhachi kippu. Słyszałam o pojedynczych przypadkach podróżowania po Japonii autostopem (przykładem może być choćby redaktor tej książki, który objechał Japonię głównie autostopem), nie jest on jednak popularny wśród Japończyków. Autostopowicza skojarzą raczej z desperatem, który potrzebuje pomocy niż z turystą. Do myślenia o autostopie zniechęca też plątanina wielopoziomowych autostrad, na które pieszy praktycznie nie ma wstępu.