Hipotezę o bardzo silnym trzęsieniu ziemi od dawna uważa się za jedną z najbardziej prawdopodobnych. Zmiany tektoniczne miałyby zniszczyć pałace, budynki i pola uprawne starożytnej Krety. Inna wersja obarcza winą wybuch wulkanu na wyspie Santoryn, 150 km od Krety, ok. 1560 r. p.n.e. Eksplozja rozczłonkowała Santoryn i spowodowała tsunami (uderzyło w północne wybrzeża Krety) i wszechobecne popioły wulkaniczne.
Być może zagadkową zagładę kultury minojskiej wyjaśnią najnowsze badania sejsmologiczne w okolicach pałacu w Knossos (na zdjęciu obok zrekonstruowany fresk z tego pałacu - "Trzy gracje" z Muzeum Archeologicznego w Heraklionie). Międzynarodowy zespół naukowców chce stworzyć precyzyjną mapę tektoniczną regionu. Rozpoczęto już wykopki przy uskoku tektonicznym w Archanes, kilkanaście kilometrów od Knossos.
