Jednak Pułtusk najwspanialszych kart swej świetności nie zawdzięcza bogom wojny, lecz pokojowym czasom XVI stulecia - polskiemu złotemu wiekowi. Miasto szczególnie upodobali sobie jego właściciele: kolejni biskupi płoccy , używający od XII wieku tytułu "księcia ziemi pułtuskiej". Jako pierwszy na stałe rezydował w grodzie nad Narwią bp Florian Laskarys (1318-1333), wznosząc drewniany zamek, spalony podczas najazdów litewskich. W roku 1405 rozpoczęto budowę ratusza, a w połowie XV wieku bp Paweł Giżycki eryguje kolegiatę. Na początku XVI stulecia biskupi wznoszą wokół miasta mury obronne.
Pułtusk był trzecim - po Warszawie i Płocku - miastem na Mazowszu z murowanymi fortyfikacjami. Nic dziwnego, skoro od XV wieku uchodził za jedno z najbogatszych polskich miast. Długosz pisał o nim: "Miasto bogate w ryby, zboże, zwierzynę leśną, a przede wszystkim wyborne piwo produkujące".
W dobie renesansu, za przyczyną dostojników Kościoła, Pułtusk stanie się na prowincjonalnym Mazowszu miejscem uprzywilejowanym, w którym królować będą nauki i sztuki. Już w połowie XV wieku bp Paweł Giżycki zakłada szkołę kolegiacką , w której uczą bakałarze wykształceni na Uniwersytecie Jagiellońskim. Sto lat później bp Andrzej Noskowski sprowadzi jezuitów , którzy utworzą w Pułtusku jedno z najsłynniejszych kolegiów na ziemiach polskich.
Do miasta określanego mianem "mazowieckiego grodu żaków", będą w XVII i XVIII stuleciu przybywać na nauki synowie szlachty i mieszczaństwa nawet z Wielkopolski, Kurlandii i Wołynia. W murach kolegium nauczali m.in. Jakub Wujek - autor pierwszego polskiego przekładu Biblii, kaznodzieja Piotr Skarga , humanista Benedykt Herbest - wydawca listów i biografii Cycerona, matematyk Oswald Krueger , św. Andrzej Bobola - późniejszy kanonizowany męczennik. Od połowy XVI w. przy jezuickiej szkole działać będzie pierwszy w Rzeczypospolitej teatr publiczny.
W przeciwieństwie do nauk zadomowionych w gmachu jezuickiego kolegium, sztuki piękne szczególnie upodobały sobie pułtuską kolegiatę. Kościół, będący chlubą dawnych biskupów płockich, zbudował warsztat Jana Baptysty z Wenecji.Wnętrze pułtuskiej kolegiaty przypomina o dawnych gospodarzach diecezji. Większość barokowych ołtarzy, powstałych po roku 1710, fundował bp Ludwik Bartłomiej Załuski. Mecenas nie zapomniał także o chwale własnego rodu, zamawiając osiem monumentalnych epitafiów umieszczonych wzdłuż nawy głównej i prezbiterium. Z obu stron spoglądają na nas postacie biskupów zatopionych w modlitwie i rycerzy dumnych ze swych wojennych czynów.
W tym panteonie męskiej chwały wyjątek stanowi epitafium zmarłej w roku 1705 Katarzyny Załuskiej - barokowej damy, odzianej w wydekoltowaną suknię.
Rządy biskupów płockich trwały w Pułtusku do roku 1795. Rezydowali na zamku, w którym zgromadzili bogaty księgozbiór. Światli duchowni interesowali się różnymi dziedzinami życia. Wybitny renesansowy poeta bp Andrzej Krzycki (1527-1535) fundował kościół pw. św. Marii Magdaleny i kościół Św. Krzyża oraz sprowadził drukarza Jana z Sącza, przyczyniając się do powstania pierwszej drukarni na Mazowszu.
Zasiadający w latach 1565-1577 na stolicy płockiej bp Piotr Myszkowski odnowił zamek i założył przy nim ogród z rzadkimi roślinami południowymi. Bp Andrzej Stanisław Kostka Załuski (1723- 1736) nie tylko wzniósł okazały ratusz , lecz także otworzył bank pożyczkowy dla mieszczan i włościan.
Szczególnym śladem kościelnej jurysdykcji był zwyczaj nadawania każdemu domowi nie tylko osobnego numeru, ale i wezwania. W roku 1729 istniało w Pułtusku 348 parceli, z których każda nosiła imię innego świętego.
Władza biskupia skończyła się z chwilą utraty niepodległości. Po trzecim rozbiorze miasto przejęli Prusacy, przeprowadzając sekularyzację dóbr kościelnych.
Pruskie panowanie trwało w mieście do roku 1806. 26 grudnia, po zwycięskiej bitwie stoczonej przez francuskiego marszałka Lannesa z rosyjskimi wojskami generała Bennigsena, do Pułtuska wkroczyły wojska napoleońskie. Dzień później do miasta przyjechał sam Napoleon Bonaparte. Znajdująca się na jednej z kamienic przy rynku tablica upamiętnia miejsce pobytu cesarza Francuzów.Po kongresie wiedeńskim miasto weszło w skład zaboru rosyjskiego. Pułtusk, leżący obok traktu łączącego Warszawę z Petersburgiem, zaczął się znów gospodarczo rozwijać.
Sytuacja zmieniła się po wybuchu powstania listopadowego. Miasto zajęli Rosjanie, przywlekając epidemię cholery.Stąd w roku 1831 wyruszał na Warszawę carski feldmarszałek Iwan Paskiewicz, przyszły namiestnik Królestwa Polskiego prowadzący politykę rusyfikacji.
W niecałe 100 lat później 11 sierpnia 1920 roku Rosjanie znów wkroczyli do Pułtuska. Okupacja wojsk bolszewickich trwała tydzień. Dwa dni po Cudzie nad Wisłą 15 pułk 9 Dywizji Piechoty pod dowództwem płk. Bolesława Zalewskiego wyzwolił miasto.
Los nie oszczędził Pułtuska również podczas ostatniej wojny. Niemcy przeprowadzili eksterminację ludności żydowskiej. Znaczna część polskiej inteligencji została wywieziona do obozów koncentracyjnych.
Klęska wojny - która od zarania dziejów nękała Pułtusk w postaci średniowiecznych najazdów Jadźwingów, Prusów, Litwinów, szwedzkiego potopu w XVII wieku czy mającej miejsce w następnym stuleciu wojny północnej - nie była jedynym dopustem losu. Przeciw miastu sprzysięgły się także dwa żywioły: ognia i wody. Pojawiające się co kilkadziesiąt lat pożary doszczętnie niszczyły domy, wyposażenie zamku i kościołów.
Wielka pożoga wybuchła w roku 1613. W kolejnej, z roku 1646, spłonęło kolegium i kościół Jezuitów. Ostatni ogromny pożar w roku 1875 - podczas którego przepadły cenne pułtuskie księgozbiory - ekspresyjnie opisał w prasie warszawskiej Henryk Sienkiewicz.
Miasto, wdzięcznie położone na wyspie leżącej pomiędzy odnogą Narwi zwanej Narewką a jej dwoma rozgałęzieniami, Rybitwą i Duszkiem, płaciło wysoką cenę, gdy pojawiała się wielka woda. Znajdujące się na tzw. baszcie szpitalnej oraz na budynku dawnego kościoła pw. Panny Maryi tabliczki wskazują poziom wody podczas ostatnich powodzi z roku 1958 i 1979.Kapryśna rzeka, na podobieństwo zmiennej bogini Fortuny, topiła w swych nurtach zgromadzone bogactwa, a zarazem przyczyniała się do wzrostu majątku mieszkańców.
Mimo swej niszczącej mocy Narew przez stulecia była dla miasta źródłem dostatku. Od XV wieku spławiano nią drewno i produkty leśne z leżącej po drugiej stronie rzeki Puszczy Białej oraz mazowieckie zboże. Dzięki wodnemu traktowi rozwijał się handel z Gdańskiem. Zalety i urodę rzeki opisał w "Odzie do Narwi" sarmacki poeta Maciej Kazimierz Sarbiewski, zdolny wychowanek jezuickiego kolegium. Nie tylko on wspominał szkolne lata spędzone w Pułtusku. Uczynił to także znany powieściopisarz i felietonista Wiktor Gomulicki w wydanych w 1906 roku "Wspomnieniach niebieskiego mundurka", odmalowując place i ulice tajemniczego miasta P., literackiego sobowtóra Pułtuska.
Dzisiaj, tak jak przed laty, stare i nowe kamienice miasta, wplecione w zieleń drzew, połyskują czerwienią dachówek. Wieża ratusza wraz z dzwonnicą kolegiaty i dachami zamku wciąż wyznacza oś rynku, a otaczający dawną rezydencję biskupów park łagodnie zamienia się w brzeg rzeki. Harmonia architektury i przyrody daje poczucie równowagi, pozwalając zapomnieć o wojnach i niszczących żywiołach i cieszyć się obecną chwilą.