Wśród Bośniaków 90% to muzułmanie, w przeważającej części hanafijscy sunnici. W średniowieczu na obszarze Bośni obecne były trzy wyznania: bogomilizm, katolicyzm i prawosławie. Większość jednak ludności stanowili bogomiłowie (zwanymi też patarenami, a w lokalnych źródłach wyznawcami Kościoła bośniackiego). Choć byli wyrzutkami Kościoła chrześcijańskiego, nie przejmowali się tym zbytnio. Na czele struktury państwowej stawiano najstarszego z nich. Wszyscy szanowali taką formę organizacyjną, a "starosta" lub "dziad" (Djed) miał niezaprzeczalny autorytet. Częste ataki ze wschodu i zachodu w celu chrystianizacji kończyły się klęską chrześcijańskich rycerzy. Bogomiłowie swoje przesłania i zapisy o życiu pozostawili w postaci kamiennych stećków (płyt nagrobnych charakterystycznych dla regionów zamieszkanych przez bogomiłów)- ponad 58 tys. wciąż znajduje się na terenie Bośni. W XV w. wraz z przybyciem Turków pojawił się islam. Początkowo rozwijał się wolno, lecz powstawanie muzułmańskich osad skupionych wokół islamskich budowli (meczetów, bazarów) oraz słaba pozycja Kościoła chrześcijańskiego konkurującego z Kościołem bośniackim przyśpieszyły proces przyjmowania islamu. Pomimo iż nowa władza wykazywała dużą tolerancję wobec zastanych wiar, przez wieki uciskani bogomiłowie zaczęli przechodzić masowo na mahometanizm, wprowadzając do niego własne lokalne przyzwyczajenia. Później wielu katolików i prawosławnych zmieniało wyznanie ze względu na lepsze warunki życia. Wkrótce po podboju na tych terenach występowały obok siebie: bogomilizm, katolicyzm, prawosławie, islam i judaizm. Nigdy nie odnotowano konfliktów na tle religijnym.
Serbowie w 99% to wyznawcy wiary prawosławnej. Ludność prawosławna przybyła wraz z tureckimi jednostkami z obszaru dzisiejszej Czarnogóry, zachodniej Serbii i wschodniej Hercegowiny.
Wśród Chorwatów 88% to katolicy. Jest to jeden z najwcześniej schrystianizowanych narodów w Europie, który pomimo obcych wpływów zawsze podlegał Rzymowi. Na terenie Bośni i Hercegowiny znajduje się sławne na cały świat miejsce pielgrzymek - Medjugorie. Ten ośrodek kultu, w którym według świadków do dzisiaj objawia się Matka Boska, stanowi ważny element religijności Chorwatów.
