Na początku XVI w. miasto zostało otoczone murami obronnymi z 9 bramami i 3 basztami. Do naszych czasów zachowała się jedna z nich zwana Ostrą, w której znajduje się kaplica Matki Boskiej Ostrobramskiej z cudownym obrazem. Za panowania Zygmunta II Augusta miasto rozkwitło, a następnie król Stefan Batory założył w Wilnie akademię (Uniwersytet Wileński). W XVII w. miasto podupadło a po III rozbiorze Polski zostało włączone do Rosji. W pierwszym zaborów przodującą rolę w życiu miasta odgrywał uniwersytet, zreorganizowany w 1803, z polskim językiem wykładowym. Działy w mieście patriotyczne, samokształceniowe organizacje młodzieżowe (filomaci, filareci, promieniści). 1832, wskutek represji po powstaniu listopadowym, władze zaborcze zamknęły uniwersytet. Do 1842 przetrwał Wydział Lekarski, przekształcony w Akademię Medyko-Chirurgiczną, i Wydział Teologiczny, przekształcony w Akademię Duchowną. W okresie powstania styczniowego w mieście i jego okolicach toczyły się gwałtowne walki. Wilno po powstaniu zostało spacyfikowane przez generał-gubernatora M.N. Murawjowa (Wieszatijela). W czasie I wojny światowej Wilno było okupowane przez Niemców. W lutym 19919 r. na fali rozlewającej się po Europie fali rewolucji Wilno zostało ogłoszone stolicą Radzieckiej Socjalistycznej Republiki Litwy i Białorusi. 19 kwietnia 1919 zajęte przez wojsko polskie pod dowództwem E. Rydza-Śmigłego. Podczas wojny polsko-bolszewickiej (1919-1921), 14 lipca 1920 zdobyte przez Armię Czerwoną i przekazane Litwie. 9 października 1920 zajęte przez generała L. Żeligowskiego, który proklamował powstanie Litwy Środkowej. 20 lutego 1922 Sejm Wileński przyjął uchwałę o przyłączeniu Litwy Środkowej do Polski, co w 1923 uznała Konferencja Ambasadorów. 19 września 1939 zajęte przez Armię Czerwoną i ponownie przekazane Litwie. Jednak już w pół roku potem w czerwcu 1940 ponownie zajęte przez Sowietów, którzy ogłosili Wilno stolica Litewskiej SRR. Okres okupacji Sowieckiej to prześladowania i deportacje w głąb ZSRR, które objęły ok. 50 tys. mieszkańców Wilna i okolic, głównie Polaków. W czerwcu 1941 Wilno zostaje zajęte przez Niemców. W masowych egzekucjach w pobliskich Ponarach zginęło ok. 100 tys. mieszkańców Wilna, głównie Żydów. Zarówno w czasie okupacji Sowieckiej jak i Niemieckiej w mieście i jego okolicach działał silny ruch oporu. W lipcu 1944 miasto wyzwolone przez AK przy współudziale armii sowieckiej. Wkrótce oddziały AK zostały rozbrojone przez Armię Czerwoną, a znaczna część żołnierzy została podstępnie uwięziona i wywieziona w głąb ZSRR. W 1944 r. Sowieci powołali Litewską SRR, której stolicą stało się Wilno. Od 1991 Wilno jest stolica suwerennej Republiki Litewskiej.