Zgodnie z ówczesnym prawem pozwolenie na założenie cmentarza wydał również biskup płocki Michał Jerzy Poniatowski, pod warunkiem cichego przemarszu konduktów pogrzebowych przez miasto i dostarczania co roku 101 kg łoju do kościoła parafialnego w Skaryszewie.
Prace nad przygotowaniem piaszczystych nieużytków i ogrodzeniem kirkutu parkanem trwały 4 lata. Pierwszy pogrzeb odbył się w 1784 roku.
Praski kirkut, mimo że pochowano na nim jego założyciela, a także twórcę maszyny matematycznej Abrahama Sterna, uchodził za nekropolię mniej znaczną i biedniejszą. Według stawek z 1855 roku pochówek na prawym brzegu Wisły był o 75 proc. tańszy niż na kirkucie przy ul. Okopowej.
Do 1870 r. opiekę nad cmentarzem sprawowało Bractwo Święte, później przejęła go gmina żydowska.
W czasie wojny cmentarz na Bródnie został zniszczony. Niemcy rozebrali ogrodzenie i zdewastowali ok. 4 tys. płyt nagrobnych. Użyli ich potem do wyłożenia jezdni w obozach wojskowych i na lotniskach polowych wokół Warszawy. Dzieła zniszczenia dopełnił brak opieki po wojnie.
Dopiero od 1985 roku, próbę przywrócenia pamięci o praskim kirkucie podjęli Zygmunt i Sonia Helena Nissenbaumowie. Dzięki działaniom [Fundacja Nissenbaumów] ocalałe nagrobki zostały zgromadzone, a teren cmentarza ogrodzony żelaznym parkanem.
Bramę cmentarną przy ul. Biruty ozdobiono płaskorzeźbą przedstawiającą tłum rabinów, chasydów, uczniów i kobiet oraz symbolami judaizmu i napisami w języku hebrajskim i polskim. Brama jest jednak zamknięta i nie ma na niej żadnej informacji.
Choleryczny
By z kirkutu dostać się na trzeci, najmniejszy w tej okolicy cmentarz, trzeba przejść ulicą Odrowąża, sforsować jeden nasyp kolejowy i wdrapać się na drugi wzdłuż ul. Starzyńskiego. Między torami rosną drzewa. Pod jednym z nich można dostrzec resztki niskiego ogrodzenia z czerwonej cegły i przewrócony głaz z ledwo widocznym napisem: ?Tu spoczywają szczątki 478 ofiar zarazy cholerycznej z lat 1872-73, zebrane pod wspólną mogiłę po zniesieniu cmentarza cholerycznego przy budowie węzła kolejowego w 1908 r.?.
Zaraza przychodziła do Warszawy z azjatyckiej części imperium rosyjskiego. Pierwsi przywlekli ją jeńcy rosyjscy w czasie powstania listopadowego. Następne fale cholery pochodziły od powracających do kraju z zesłania ułaskawionych więźniów politycznych, kupców i kolejarzy.
Cmentarz choleryczny położony w trójkącie utworzonym przez krzyżujące się tory kolei nadwiślańskiej, zdawał się potwierdzać rozpowszechniony wówczas pogląd, jakoby szyny żelazne i parowozy ?przyciągały? burze, pioruny, zarazy i inne nieszczęścia.
